Ровно 9 раз.
«Через тишь, гладь, костромской беспредел» в «Лётчике».
3 раза «Кострома, мон амур...» в одноимённой песне.
«Проснись, моя Кострома» в «Дубровском».
«Моя подруга из Тольятти, я сам из Костромы» и «Клянусь, такого в Костроме еще не видел никто» в «Афанасий Никитин-буги или Хождение за три моря-2».
«Оказался предпринимателем в Костроме» в «Ткачихе».
«Наследный принц Уфы и Костромы» в «Сарданапале».
Проверено по «Книге песен» (aquarium.ru)
Почему именно она? Вот одна из цитат БГ про Кострому (sobaka.ru):
Белкин: Так вот, ваше сочинение «Кострома, mon amour» – почему именно Кострома? Вы ведь много работали над проблемой костромских излучений.
БГ: Сакральная география.
Белкин: Это ваш термин?
БГ: Да.
Белкин: А вот до сих пор в Костроме наблюдаются такие электромагнитные широкие поля? Можно, сказать, что Кострома – наша Эль-Хаса?
БГ: Естественно! Их Эль-Хаса – это наша Кострома.