Казалось бы, ответ прост ("разделены; каждые ходят в свои мечети"), но на самом деле нет.
Все зависит от того, в какой этноконфессиональной ситуации мы задаем этот вопрос. Так, в конце января 2016 года первый заместитель председателя Совета муфтиев России, глава Духовного управления мусульман Московской области Рушан Аббясов заявил, что отношения между мусульманскими религиозными организациями России активно развиваются вне зависимости от направления (суннизм или шиизм): "В наших мечетях молятся как сунниты, так и шииты. Хочу сказать больше: у нас в Духовном управлении мусульман России есть зарегистрированные шиитские общины, которые находятся в нашей юрисдикции. В этом отношении у нас идет полное сотрудничество. Никаких трудностей нет", - сказал Аббясов (https://ria.ru/religion/20160201/1368303713.html).
Примером такого межконфессионального сотрудничества (суннизм и шиизм - конфессии ислама) по праву может быть назван мечетный комплекс в Отрадном - там под одной крышей находятся суннитская мечеть «Ярдэм» и шиитская мечеть «Инам».