Никто точно не знает, как это называется. Но так бывает. Причем не так уж и редко. Чаще жалуются именно бегуны, но очень может быть, что такое бывает при разной физической нагрузке.
По самой правдоподобной версии это болят вены под языком. В том месте есть крупные поверхностные вены. Можете показать себе в зеркало язык и посмотреть. Отоларингологи считают, что именно так должны свербить расширенные вены. Типа геморроя под языком.
В самом конце изнуряющей физической нагрузки, когда язык уже свешивается набок, сердце выскакивает из груди, а пульс стучит в ушах, под языком начинается свербение и даже боль. Если остановиться и постоять, то всё проходит.
Есть еще всякие объяснения типа того, что спортсмены от усердия сжимают челюсти, и там болят мышцы. Но это как-то притянуто, по-моему.