Да сколько угодно. вот например полиовакцины были контаминированы обезьяньими вирусами, которые с радостью поменяли хозяина. Или вакцина от лихорадки Денге, вошедшая в историю как наиболее "удачный" пример ADE синдрома, который у некоторых проявлялся в усилении поствакцинальной инфекции (хотя ожидалось иное).
Но это не потому, что ученые такие глупые или среди них есть сознательные вредители, просто мы еще всего не знаем, а вирусы и другие возбудители тоже не стоят на месте: они эволюционируют, приспособляются под вакцины, антибиотики и т.д.