Есть еще один способ, для которого нам понадобится:
Любой из видео-редакторов, плюс Photoshop.
В своем видео-редакторе выделяем нужный отрывок видео, и рендрерим его в формате .jpeg
Затем данную последовательность кадров загружаем в Photoshop. Далее с помощью инструмента "Волшебная палочка" выделяем нужный объект ( в данном случае - небо) и удаляем его. Эту операцию проделываем с каждым кадров,рендрерим в формате .png , и загружаем обратно в видео-редактор.
В итоге мы получаем тот же отрывок видео с прозрачной текстурой вместо неба.
Под дорожку можно подставить любой фон,gif-анимацию, либо видеоряд.
Так же данную фишку можно использовать и для других целей.
UPD: В этом видео подробно описан данный способ:
www.youtube.com/embed/UxGIH2DyWxM?wmode=opaque