Добрый вечер.
Из вопроса не совсем понятно, такое заявление являлось самостоятельным административным иском, рассматриваемом в соответствии с КАС РФ или же это было отдельное ходатайство в рамках судебного спора.
Если первое, то получается в удовлетворении административного иска отказано, то расходы взыскиваются с проигравшей стороны (истца)
Частью 1 статьи 111 КАС РФ определено, что стороне, в пользу которой состоялось решение суда, суд присуждает с другой стороны все понесенные по делу судебные расходы.
Если второе, то отказ в удовлетворении ходатайства еще ничего не значит. Главное, какое итоговое решение вынесено судом.
Аналогично в статье 103 ГПК РФ закреплено правило, что расходы взыскиваются с проигравшей стороны. Если требования удовлетворены частично, то пропорционально удовлетворенным требованиям