С какой суммы я буду платить налог, если квартира приобретена в ипотеку в 2018 году за 2100000 и буду продавать в 2020 за 2400000?

Сперва посмотрите на кадастровую стоимость квартиры на сегодняшний день. Если 70% кадастровой стоимости меньше 2 400 000, то налог считаем (2400000-2100000)*0,13=39000. Если больше, то напишите кадастровую стоимость.