Самая частая проблема с которой сталкиваешь, буквально, в каждом втором проекте, это нежелание/невозможность клиента участвовать в продвижение командой вместе с подрядчиком. Многие (почти все) заказчики считают, что заплатив деньги, все должен делать подрядчик. Безусловно, можно все делегировать на подрядчика, но объективно ряд работ даст более высокий результат, только при взаимодействии заказчика и исполнителя. Самый яркий пример это контент. Можно написать описание и тексты хоть для всего сайта, но на сколько лучше тематику бизнеса знает заказчик, на сколько точнее и подробнее он составит текст, избежав ошибок и недопустимых формулировок?
Ещё одной распространенной проблемой является "прошлое" ресурса. Я не встречал ни одного клиента, который бы при обращение за продвижением сам сказал бы, что ранее мы использовали аренду ссылок, мы продвигались автоматическим сервисом или мы накручивали поведенческие факторы и были в топе, а потом резко слетели. С такими сюрпризами сталкиваешься во время работы. И если фильтр поисковой системы обнаруживается довольно быстро, то пессимизация отдельных страниц и её причина всплывает через несколько месяц работ. Один клиент забыл уточнить, что домен он купил на аукционе и ранее на нем был развернут сайт совершенно другой тематики.
Далеко не все согласны на доработку и "реконструкцию" сайта, полагая, что заплатив немалую сумму при его первичной разработке, сайт должен быть идеальным и готовым к продвижению. В таком случае приходится работать с тем что есть, сталкиваясь с ограничениями cms. Как правило, результат достигается не полном объеме и за более длительный срок.
Остальные моменты, скажем так "рабочие". Бывают и резкие просадки, после которых ломаешь голову, что же не так, другие проекты же все в плюсе. Бывает, что клиент получив первый результат отказывается от дальнейших работ, полагая, что теперь сайт будет в топе вечно. С каждый проектом абсолютно точно понимаешь одно, - общего шаблона продвижения нет, даже если два сайта "близнецы" в одной узкой тематике, каждый нужно двигать по своему