Лингвистика является частью филологии, поэтому перейти из филологии в лингвистику или наоборот невозможно.
Если же речь идёт о переходе с филологического факультета ВУЗа на лингвистический факультет или наоборот, то здесь всё будет зависеть от курса и языков. Например, если переход осуществляется на 1-м или 2-м курсе, то никаких особых проблем не будет, но если это 4-й курс, то языки должны совпадать. При этом у лингвиста при переходе на филологический факультет языка, который он изучал, проблем будет меньше, чем у филолога, переходящего на лингвистический факультет, поскольку там больше языков. Хотя, во многих ВУЗах можно отказаться от изучения каких-то языков и тогда филолог не очень будет отличаться от лингвиста и наоборот. Но вот смысла в таком переходе нет, поскольку часть квалификации будет потеряна, а остальное будет скомкано ради сдачи экзаменов.