С чем это может быть связано?

Версий очень много, точно ясно одно - полиглутаминовые патологические белки нарушают протеостазис только определенных групп нейронов, также экспрессия этих форм. Кроме этого, сама экспансия тандемных повторов скорее характерна именно для нейронов с определенным эпигеномом и активными строго определенными транскрипционными и ремоделирующими хроматин факторами. Болезнь Гантингтона хорошо изучена, но фолдинг (свертка белковой уепи в структуры 2-4 порядков) полиглутаминовых патологических форм белка хантингтина хранит множество загадок.

Bravo-Arredondo, J.M., Kegulian, N.C., Schmidt, T., Pandey, N.K., Situ, A.J., Ulmer, T.S. and Langen, R., 2018. The folding equilibrium of huntingtin exon 1 monomer depends on its polyglutamine tract. Journal of Biological Chemistry, 293(51), pp.19613-19623.

Бусан и Викс считают, что роль играет эпитранскриптомный контекст и 3d структура транскриптов белка hantingtin.

Busan, S. and Weeks, K.M., 2013. Role of context in RNA structure: flanking sequences reconfigure CAG motif folding in huntingtin exon 1 transcripts. Biochemistry, 52(46), pp.8219-8225.

N-альфа ацетилирование, то есть пост-трансляционная модификация хантингтина уникальными для некоторых линий нейронов формами ацетилаз также может быть критична для фолдинга.

Gottlieb, L., Guo, L., Shorter, J. and Marmorstein, R., 2021. N-alpha-acetylation of Huntingtin protein increases its propensity to aggregate. Journal of Biological Chemistry, 297(6).

Из необычных теорий выделю концепцию полипролиновых мотивов, согласно ей полипролиновые домены хантингтина выступают эндогенными (внутрибелковыми!) шаперонами, от их числа может зависеть патогенность белка, само же их число может варьировать в зависимости от клеточной линии, как и спектр пост-транскрипционных модификаций этих доменов.

Zhang, L., Kang, H., Perez-Aguilar, J.M. and Zhou, R., 2022. Possible co-evolution of polyglutamine and polyproline in huntingtin protein: proline-rich domain as transient folding chaperone. The Journal of Physical Chemistry Letters, 13(27), pp.6331-6341.