Да, были разногласия. Надо понимать, что действия романа происходит в 14 веке. Это век, когда католическая церковь проявляла особую активность на влияние и управление почти во всех сферах жизни в обществе. Любое инакомыслие каралось инквизицией.
Поэтому монашеские ордена и боролись за милость Папы. И если возникали малейшие разногласии в трактовке библии среди орденов, возникали прения и зачастую конфликты между ними. Даже в таких вопросах, как аскетизм.