Вы же должны пробить чек не когда вам пришли деньги от банка, а когда вам заплатили. Вам заплатило физ.лицо, выбили чек. Заплатило юр.лицо - поставили соответствующую галочку и выбили чек. Все последующие движения ваших денежных средств никого не интересуют.
Автоматические чеки от сбера и прочих это не панацея, а инструмент который используется под конкретные задачи, в некоторых случаях он может не подходить.