В основе фамилии лежит слово боярин, у которого одни ученые находят тюркские корни (в переводе «знатный человек»), другие – славянские (от слова бои – «битва, сражение»). В то же время, как предостерегает Б.Г. Унбегаун, не стоит думать, что предки носителей фамилии Бояринов имели высокое происхождение. Так, в XVI веке в посаде Ненокса (ныне архангельское село Нёнокса) жил посадский человек Филка Бояринов.
Фамилия могла быть образована и от прозвища Боярин. Словом боярин, например, в старину называли медведя, чтобы не использовать его прямое название и тем самым не призвать его, согласно народным верованиям.