Продаю квартиру, заплачу налог, в течение 90 дней продаю вторую, в собственности менее 3-х лет, надо ли платить налог за вторую?

Налог платится не сразу после продажи квартиры, а по окончанию календарного года. Поэтому если продадите две квартиры в течение, например, 2021 года, то налог, если он будет начислен, Вам нужно будет заплатить до 15 июля 2022 года.

И продажа обеих квартир должна быть Вами включена в одну декларацию 3-НДФЛ за 2021 год, которую нужно будет сдать до 30 апреля 2022 года.

90 дней разницы в данном случае ни на что не повлияют (если они будут в течение одного года).