Если на часах apple watch перестало приходить уведомление по мессенджеру, что может быть причиной? Уведомления включены.

Часто причина может быть в самом приложении, мессенджере, которым вы пользуетесь. Попробуйте обновить его на iPhone, заново отключить и снова включить уведомления.