Было хищение с банковской карты 90,000 р., ущерб полностью возмещен. Пострадавший претензий не имеет, виновник пришел с повинной. Что будет?

Возможно прекращение уголовного дела по нереабилитирующим основаниям - за примирением сторон (ст.25 УПК РФ), но это не обязанность, а право следствия или суда.