Елена, добрый день. Если у вас с заказчиком в договоре есть приложение в виде сметы, а на этом приложении есть печати двух организаций, то можно прямо в лицо заказчику это и показать.
Другое дело, если у вас есть какие-то неформальные договоренности, о том, что заказчик закрыл глаза на качество выполнения уже подписанных работ и просит компенсацию в виде скидки за грунт.
Если нет - пишите официальные письма, указывайте фамилии, жалуйтесь всем и делайте, чтобы было много шума. А то генподрядчики, в лице властью наделенных сотрудников, часто ведут себя не очень добропорядочно.
А на будущее смотрите наш "Журнал" на сайте, мы будем освещать там похожие ситуации.
В противном случае заказчика ждет прокуратура, куда ему деваться. Такие вещи нужно решать на этапе актов, возможно совместно с представителем заказчика.