Конкретно в айфонах используются датчики Холла, измеряющие магнитный поток. Их стоит несколько штук (вроде бы, четыре, если я правильно помню) и за счёт сравнения их измерений можно определить направление магнитного поля.
Так что компас на айфонах работает как настоящий компас и указывает не на какие-то координаты, а на реальный магнитный полюс Земли.