Да, этот день учитывается.
Трудовое законодательство не разграничивает дни на рабочие и выходные при определении периода предупреждения об увольнении.
В соответствии с ч. 3 ст. 84.1 ТК РФ
Днем прекращения трудового договора во всех случаях является последний день работы работника, за исключением случаев, когда работник фактически не работал, но за ним, в соответствии с настоящим Кодексом или иным федеральным законом, сохранялось место работы. (Выходные и праздничные дни, пребывание работника в отпуске, на больничном и Ваш случай).
Таким образом, выходные дни, предоставляемые Вам в соответствии с графиком сменности, являются днями, когда Вы фактически не работали, но состояли в трудовых отношениях с работодателем и, следовательно, засчитываются в срок предупреждения при увольнении.