В молекулярно-кинетической теории температура - это макроскопическая характеристика пропорциональная средней кинетической энергии молекул (микроскопическая характеристика). Когда средняя скорость молекул увеличивается - температура растет, и наоборот.
В принципе в МКТ средняя кинетическая энергия молекул и температура - это фактически эквивалентные понятия. Но логически первична, я думаю, все-таки энергия молекул. То есть, если молекулам вещества сообщается энергия, то их средняя скорость увеличивается и, соответственно, растет температура. Иными словами, молекулы стали двигаться быстрее, поскольку им каким-то образом передали энергию, а раз они стали двигаться быстрее, то температура выросла.