Всё зависит от условий первоначального договора.
Если в договоре указывается, что дольщик при уступке своих прав на квартиру другому лицу оплачивает застройщику некую комиссию, то такая комиссия считается законной и правомерной, поскольку сам дольщик под данными условиями подписался, а значит выразил согласие.
А если в договоре не указаны условия об оплате комиссии застройщику при уступке прав дольщиком, то и нет оснований для её оплаты.