Здравствуйте!
Нет, суд в данном случае неправомерно возвратил иск, сославшись на неподсудность.
Согласно п. 2 ст. 29 ГПК РФ иск к организации, вытекающий из деятельности ее филиала или представительства, может быть предъявлен также в суд по адресу ее филиала или представительства.
В исковом заявлении необходимо указать в качестве ответчика ООО в лице филиала. Такие дела рассматриваются по месту нахождения филиала.