Правда ли, что все, что существует, состоит из одних и тех же элементов?

Не совсем. Давайте разберёмся.

Под элементами обычно понимаются химические элементы. Это, например, водород, кислород, неон, аргон и т.п. Посмотрите на периодическую систему химических элементов. Химические элементы это атомы. Чтобы определить к какому химическому элементу относится атом достаточно знать заряд его ядра. Ядро состоит из нуклонов - протонов и нейтронов. Протоны несут положительный заряд, а нейтроны не несут заряда, а влияют только на массу. Сколько протонов в ядре - столько электронов к себе и притягивает ядро. Вот в целом атомы химических элементов так и устроены. И всё что состоит из атомов состоит из каких-либо химических элементов. Считается, что нейтроны взаимозаменяемы и между ними нет отличий, то же можно сказать и про электроны и про протоны - все электроны одинаковы, все нейтроны одинаковы, все протоны одинаковы. Насколько я понимаю (вот тут не факт) - все ядра с одинаковым набором протонов и нейтронов также считаются одинаковыми - неотличимыми.

Что касается химических элементов - тут есть нюанс. Некоторые химические элементы способны содержать в ядре разное количество нейтронов. При этом какие-то комбинации относительно стабильны - живут многие года, а какие-то комбинации распадаются за доли секунды (и при распаде могут получится два новых ядра, либо ядро теряет нейтроны - получается новое ядро и свободные нейтроны). Они называются изотопы. Такие разные комбинации будут иметь разную массу и даже проявлять немного разные химические свойства - например вода, где в качестве водорода имеется более тяжёлый его изотоп - дейтерий - ядовита для человека. Кроме того, бывают ионы - это когда вокруг ядра атома или вокруг группы атомов болтается меньше или больше электронов, чем суммарный заряд протонов в комбинации. Также есть случаи, когда электрон находится не на стабильной орбитали, а выше - это называется возбуждённое состояние. Обычно такое состояние быстро стабилизируется и возвращается к стабильному, испуская фотон - так работают лампы, лазеры и звёзды.

Не считаются химическими элементами элементарные частицы. При этом все частицы одного типа считаются неотличимыми друг от друга. В свою очередь часть элементарных частиц состоит из кварков - кварки одного типа считаются неотличимыми друг от друга.

Не считается элементом, хотя и существует - пространство, время.

Не очень понятно из чего состоит или чем является тёмная материя и тёмная энергия.