Это миф, который почему-то существует в российском интернете. Слышу об этом уже не первый раз, но при проверке информации ничего подобного не подтверждается.
Однако, необходимо понимать, что, в целом, японская миграционная политика является достаточно жесткой в отношении мигрантов вне зависимости от их национальности/расы/религии. Вместе с тем, в руководстве страны есть понимание о том, что Стране восходящего солнца мигранты необходимо хотя бы исключительно по экономическим соображениям. Упрощенно говоря, существует ряд низкоквалифицированных профессий, куда японцы не идут. Сюда же добавляется общее старение населения, характерное для большинства развитых стран.
Кроме того, многие японцы по своей природе очень закрытые, скованные, можно даже сказать зажатые. Все эти качества умножаются в несколько раз при виде иностранцев и получается так, что многие японцы варятся, так сказать, в собственном соку, плохо понимая и просто на просто боясь, представителей других национальностей, что несомненно ограничивает их личностное развитие. Увеличение числа мигрантов, на мой взгляд, конечно,вызовет появление расистские настроение у одной части населения Японии, а другой даст сильный толчок для внутреннего развития - знакомство с иной культурой, выработку в себе таких качеств, как большая открытость, свобода и т.д.
Возвращаясь к теме вопроса, то, как выяснилось, выдача виз не зависит от религиозной принадлежности. Однако, иностранцев, в целом, в Японии достаточно мало. И если вы, будучи европеоид по своей расе (и не важно, дагестанец вы или швед) приедете на Хоккайдо, то люди будут все бросать и смотреть, куда вы идете. Не потому, что они думают, что вы совершите нечто ужасное, а потому, что им одинаково интересно, необычно и страшновато. Страшно, потому что это нечто новое, неизведанное. И они, скорее бояться не вас, а самих себя - то есть сделать что-то глупое, неуместное при виде вас, как бы опозориться, лишиться чести.
Однако, иностранцы, в общем, и мусульмане, в частности, конечно существуют в Японии. В основном это, естественно, Токио и Осака. Хотя и в Киото есть мигранты. Из мусульман это преимущественно выходцы из Юго-Восточной Азии, но есть и из Ближнего Востока. В последние десятилетия в заливных странах - ОАЭ, Бахрейн, Кувейт, Катар, Саудовская Аравия и даже Иран существует интерес к разным аспектам японской культуры. Если интересно, вот чуточку подробнее - https://thequestion.ru/questions/453798/answer-anchor/answer/652204#answer652204-anchor .
Соответственно, в Японии, пускай не в большом количестве, но есть студенты из указанных выше стран. Есть преимущества для религиозных туристов - Nippon Asia Halal Association (NAHA), которая отличается очень высоким качеством продукции.
Со временем, очевидно, количество мусульман, как туристов, так и мигрантов будет возрастать. Но едва ли Япония в ближайшие 10 лет в процентах достигнет уровня Швеции или хотя бы Италии по числу мусульман. И дело тут не только в том, что сделать миграционную политику более открытой достаточно сложно. Не менее значителен фактор того, что сама по себе Япония страна весьма и весьма закрытая по своему общественному устройству, да к тому же местный язык не славится своей легкостью.
P/S
Несколько интересных историй о жизни мусульман в Японии https://www.nippon.com/en/features/c04005/. Правда, к сожалению, только на английском.
Ни разу о таком не слышал. В моем сообществе было немало туристов из Узбекистана, которые прекрасно получали визы. Вообще отказ в визе - неслыханное дело.
Главное - собрать все документы и иметь достаточно денег на счету. Все.