ДОбрый день, оплачивать государственную пошлину можно разными способами, разница лишь в том как вы подаете заявление об оказании государственной услуги ( либо электронно - через портал, либо в традиционном формате)
Это никак не влияет на выбор места для сдачи экзамена.
Т.е записавшись через портал госуслуг, вы можете так же записаться на сдачу через автошколу.
Все зависит от региона.
Например в одной из областей госуслуги носят формальный характер.
А во Владимирской области наоборот работают ТОЛЬКО через портал Госуслуг.