У клеток пересаженных органов/тканей свой геном, отличный от генома родных клеток реципиента (кроме случаев, когда донором является однояйцевый близнец), в силу чего клетки пересаженного органа/ткани никогда не станут родными и не заменятся родными. Поэтому в организме реципиента всегда будут присутствовать агрессивные иммунные клетки (сформировавшиеся до пересадки органа и там, где нет донорских клеток), которые не отсеивались при отсутствии толерантности к рецепторам главного комплекса гистосовместимости (ГКГ) клеток донора, как это происходит при отсутствии толерантности к рецепторам ГКГ родных клеток. При этом система иммунной толерантности, подавляющая иммунные атаки на безвредные антигены и снижающая вероятность отторжения пересаженных тканей, в течении нескольких месяцев после пересадки снижает агрессивность иммунного отклика на чужеродные клетки, но не может подавить его полностью, и реципиенту приходится пожизненно принимать иммуносупрессоры.