Я хочу по итогу внесения данных видеть условное дерево сайта, где на каждой ветке будут видны какие поисковые запросы относятся к данной странице и какая позиция в поиске у нее по данному запросу, также хотелось бы иметь историю по движению позиций.
Доброго дня. Какой-то общей программы под все вышеописанные задачи нет. Для работы с семантикой используются, как правило следующие программы:
Для снятия позиций, аналитикой поисковой выдачи и видимости, как правило:
Также для работы с ключами можно поискать расширения для браузеров, например есть неплохое расширение под хром Yandex Wordstat Assistant.