Формально - остались и "зеленые эльфы" (за исключением Леголаса), и авари. Проблема в том, что изменился сам мир. Эльфы по своей природе привязаны к Арде, в ней их жизненная сила.
Немного из "толкиновской" биологии: у каждого эльфа имеется "хроа" - телесная оболочка и "феа" - дух, причем "феа" изначально сильнее и стремится поглотить "хроа", в результате чего эльф станет, грубо говоря, призраком - бессмертным, но бесплотным. Нечто подобное произошло с Феанором в момент его гибели: дух просто уничтожил ослабевшее тело.
А поскольку изменившийся мир более не способен поддерживать "хроа", всех оставшихся в нем эльфов рано или поздно ждет одинаковая судьба - призрачное существование. Такая вот версия.
Остались эльфы авари и Арвэн Ундомиэль с Келеборном. Остальные - умерли или уплыли в Валинор. Эпохой позже,веком позже.. Через 200 лет семейной жизни умерла и Арвэн, после смерти Арагорна..
Трандуил со своим эльфийским народом остался в Эрин Ласгален (Зеленолесье - бывшее Лихолесье).