После долгих лет, отец хочет признать ребенка, а до этого в свидетельство о рождении не был вписан, в данном случае как признать отцовство?

Правильнее всего обратится в ЗАГС по месту выдачи свидетельства о рождении ребенка. Они или внесут запись "по обоюдному согласию" или подскажут процедуру внесения изменений.