Нет. Форма письма может быть любой. Ваше обращение подписанное ЭЦП - это ваше обращение. Я уверен водоканал ответит простым письмом и это не будет нарушением с их стороны.
Ни каким законодательным актом не обязывает коммерческую компанию отвечать с помощью ЭЦП. Ответ может прийти как по почте, нарочным, либо курьерской службой доставки. Как впрочем и подписанный с помощью ЭЦП.