Выбор платежной системы практически не зависит от CMS , уж тем более для всеядного Битрикса. Настроить на битриксе можно абсолютно любую систему автоматических оплат, которая работает в принципе) Для этого есть как и готовый модуль в маркетплейсе, так и возможность использовать сторонний код сервиса.
А вот для вас, как для заказчика есть ряд моментов, которые влияют на выбор системы автоматических оплат:
Могу посоветовать платежную систему от Сбербанка, у них довольно низкие проценты за комиссию. https://www.sberbank.ru/ru/s_m_business/bankingservice/acquiring_total
А так, для 1С-Битрикса, Вы можете выбрать практически любую ПС.