Надо установить плагин пермишенов и настроить его, указав какие команды доступны определённым пользователям (или группам).
Ну и не забудьте, что для плагинов нужно выбрать тип сервера не Vanilla, а Paper/Bukkit или Spigot/Bukkit.
Чтобы использовать команду /spawn нужно установить на сервер плагин EssentialsX. Сделать это можно скачав его с сайта spigotmc и поместив файл в папку plugins