Здравствуйте, Виктор!
Замена ДВС считается внесением изменений в конструкцию ТС, когда модели штатного ДВС и устанавливаемого отличаются (хотя бы буквой или цифрой).
В таком случае вам нужно проходить процедуру регистрации переоборудования ТС.
Для этого вам необходимо:
Внести соответствующие пометки замены ДВС в ПТС и получить новое СТС (в ГИБДД).
Если же модели абсолютно одинаковые и отличается только номер ДВС, то это рассматривается, как ремонт ДВС и оформляется через заявление в ГИБДД.
Да. На техническом осмотре, при оформлении страхового полиса в следующий раз, Вам зафиксируют номер двигателя и внесут правки в свидетельство транспортного средства. Но придется заплатить гос. пошлину за замену СТС :)