Армия - дело всегда и без каких-либо сомнений дело гиблое. Так что полагаю даже год в не соответствующей ожиданиям магистратуре будет полезнее. Другое дело, что если после ее окончания в армию идти всё равно придется, то возможно имеет смысл пойти уже сейчас, чтобы не терять время и в магистратуре, и в армии.