Здравствуйте. Для начала лучше связаться с ГИБДД и объяснить ситуацию. Это на сегодняшний день можно сделать онлайн, чтобы лишний раз не ездить туда-сюда. Вам подскажут что делать.
Требование на номер двигателя отменили, т.е. двигатель теперь не как номерной агрегат при переоформлении считается, а как все остальные агрегаты типа коробка передач, раздаточная коробка, передний или задний мост. Однако в документах на автомобиль графа "Номер двигателя" до сих пор существует. Свяжитесь с ГИБДД, онлайн, чтоб лишний раз не бегать туда-сюда. Вам помогут поточнее разобраться в данной ситуации!
Удачи!