Скорее всего вы ошибаетесь в вычислениях.
Достичь указанного вами эффекта можно, если вы форматируете вывод маленьких чисел. Т.е. само число будет иметь ненулевое значение, но при выводе обрежется. Например, вот так:
>>> print "{}".format(-2.5 * 0.001 + (-2.6*0.001))
-0.0051
>>> print "{:.1f}".format(-2.5 * 0.001 + (-2.6*0.001))
-0.0