Потому что рейтинг присваивается по сумме разных факторов. Например, большое значение имеет научная и исследовательская работа, которая проводится в стенах вузов. Во ВШЭ ее практически нет. Или же такой критерий, как доля иностранных студентов иногда в рейтингах встречается. Плюс иногда рейтинги так составлены, так подобраны учитываемые факторы, что приоритеты имеют профильные физико-технологические вузы.
К слову сказать, Российские вузы вообще по показателю "научная работа" проигрывает, по количеству научных трудов профессоров вузов и насколько активно эти труды цитируются в работах других авторов по всему миру (а для этого надо публиковаться в правильных журналах и базах статей) и т.п. А еще тот же МГУ проигрывает по таким критериям как доля иностранных студентов или доля иностранных преподавателей (если это учитывается). Где-то вообще учитывалось количество нобелевских и еще каких-то лауреатов. На это все сильно влияет общее положение страны в мире. В общем проигрываем из-за того, что мы не встроены в международную академическую тусовку, общение и обмен людьми и информацией, перекрестные стажировки студентов в мире.
В любом случае нужно брать методику и смотреть, какие именно критерии учитываются при составления конкретного рейтинга.