Во-первых, не все - ни Л. Берия, ни С. Круглов не были при жизни Сталина объявлены "врагами народа" и репрессированы; во-вторых, сталинская карательная машина - это не только минвнудел, это ещё и наркомат/министерство государственной безопасности, и из руководителей этого ведомства репрессирован при Сталине только В. Абакумов (т.е. всего при Сталине были репрессированы три высших руководителей советской госбезопасности из семи - Г. Ягода, Н. Ежов и В. Абакумов; Вс. Меркулов был уволен с поста министра госбезопасности, но не подвергнут аресту и заключению, а переведён на другую работу с понижением в должности и переводом из членов в кандидаты в члены ЦК компартии).
Сталин выбирал новых главных карателей под конкретные цели (лишь Ягода достался ему "в наследство" от созданной ещё при позднем Ленине системе органов ВЧК-ОГПУ). Каждый случай как назначения, так и репрессии был индивидуален - Ягода, например, был старым чекистом, начавшим работать ещё с Дзержинским, поэтому был предан не лично Сталину, а партии. Сталину же для окончательного укрепления личной власти хотелось окружить себя исключительно людьми, которые были бы не просто лично ему преданы, а обязаны ему и только ему своим восхождением на властный Олимп. Другой мотив действий Сталина как в отношение Ягоды, так и в отношение Ежова - это основная причина репрессий. Сталин полагал, что ввиду скорой неизбежной войны необходимо уничтожить любую потенциальную причину недовольства советским строем и компартией, любую потенциальную "пятую колонну" (выражение, как известно, родившееся как раз в то время и оказавшимся весьма удачным для Сталина и его репрессивной политики - его употребил наступавший в конце 1936 года на Мадрид четырьмя колоннами войск генерал испанских националистов Хосе Варела, сказавший, что пятая колонна нападёт на респуликанцев в Мадриде с тыла). Ягода не годился на эту роль (он был, условно говоря, человеком предыдущей формации, более чем нужно самостоятельно мыслящий, возможно, не видящий смысла в действительно массовых карательных акциях; о Ягоде была интересная лекция его биографа на канале Общества "Мемориал", стоит её послушать, как и курс Н. В. Петрова "История советских спецслужб", там как раз раскрываются мотивы действий Сталина в отношение его подручных), его требовалось заменить на безусловного преданного и не проявляющего самостоятельности человека, одновременно дискредитировав все оставшиеся в партии, армии и государстве силы, которые ещё не утратили самостоятельной позиции, ещё помнили систему коллективного руководства страной, кого Сталин опасался и кому не доверял. Таким человеком стал Николай Ежов, на которого (вернее, не на него самого, а на "вредителей", якобы пробравшихся в НКВД и репрессировавших честных граждан) потом оказалось удобно свалить "перегибы", тем более что невиданный характер массовых операций 1937-38 года вызвал неожиданные и очень серьёзные дестабилизирующие последствия (что потом аукнулось даже во время войны). Делая же из своих наркомов "козлов отпущения", Сталин рассчитывал на человеческую психологию, на систему пропаганды и своё тактическое мастерство - при разворачивании или прекращении тех или иных кампаний указывались конкретные виновники предыдущих ситуаций, разворачивалась соответствующая пропагандистская кампания, которая всегда была многоуровневой и многоплановой (не только суды над "главными виновниками" и статьи в центральных газетах, но и поиски то "вредителей", то "доносчиков" на местах), а также предпринимались меры, которые в глазах обывателей были восстановлением справедливости (яркий пример - так называемая "бериевская амнистия" 1939 года).
По-вашему Ягода не видел смысла в массовых репрессиях, но при этом их проводил и никакого сопротивления этому не оказывал?
А с какого перепугу ЭТО должно его копрометировать? Люди - не автоматы, поэтому в разное время и в разных ситуациях, не только ведут себя по-разному, но и могут кардинально меняться! "Тому в истории мы тьму примеров слышим..." (с)
Компромат опасен для правителей только в демократических странах. А тирану на это было наплевать. Когда человек слишком усиливался, забирал себе слишком много власти, Сталин его убирал. Вот так просто.