Ответ прост: во времена СССР государство контролировало все, в том числе и церковь. Это называется тоталитаризм. Никакого идеологического разнообразия не допускалось. На этом фоне контролировать церковь причины были самые веские - быть верующим в СССР фактически означало быть диссидентом - противником насаждавшегося государством атеизма. Инакомыслие преследовалось, многие люди исповедовали веру тайно. Справедливости ради, государство контролировало церковь и до СССР, в царской России. Учреждённый Петром I Святейший Правительствующий Синод - орган государственного управления Русской церковью в период с 1721 по 1917 годы.