Историческая традиция. Первым императивным языком высокого уровня был Фортран, где присваивание обозначалось равенством, а для сравнений использовались буквенные обозначения .EQ. (равно), .GT. (больше), .LT. (меньше) и т.д. (на тех машинах запросто могло не быть знаков > и < на клавиатуре, откуда, вероятно, и пошли такие странные формы сравнений). А дальше – традиция.
Хотя во многих языках обе эти операции обозначаются знаком равенства и различаются по контексту.