Отвечаю с материалистической точки зрения: это касается не только верующих, но и не верующих. Многие люди, не зависимо от мировоззрения, подвержены такому психологическому эффекту, как маркирование людей ("свой или чужой) на основе:
вкусов,
любимых футбольных комманд,
любимых актёров,
мировоззрения
и многому другому.
Для воинствующих атеистов все верующие - чужие. Для фанатичных верующих все иноверцы "чужие". Для особо ревностных фанатов "спартака" - фанаты других групп тоже "чужие". И до драк на стадионах часто доходит, и до драк между фанатами популярных певцов. Почитайте о светском фанатизме. И дело не в мировоззрении - а в обыкновенных низменных инстинктах, которые заставляют высокопримативных (подверженных сильному влиянию животного начала) людей держаться "своей группы", отстаивать её интересы, и проявлять агрессию к тем, кто в принадлежит к конкурирующей группе.
Это - вопрос интеллекта. Если сила ума перевешивает силу стадного инстинкта - то верующие с атеистами вполне успешно дружат. Проблему и угрозу представляют те, кто головой не думают, а только едят и бьют поклоны.
Это одна из целей ради которых и было разработано множество религий, чтобы сеять раздор между народами и сталкивать их лбами. Кто-то на этом хорошо зарабатывает