Я не знаю точного ответа на этот вопрос, но предполагаю, что примерно из таких соображений. Исторически так сложилось, что оси координат направляют вправо и вверх. Первая координата - икс, а значит углы целесообразно откладывать от положительного направления оси x (с вершиной, естественно, в начале координат). А чтобы при этом хотя бы для небольших углов (меньше π/2), обе координаты точки пересечения второй стороны угла с единичной окружностью (отвечающие за синус и косинус) были бы положительными, направление, в котором этот угол откладывают, должно быть против часовой стрелки.
Ну, т.е. иными словами, чтобы можно было, откладывая углы от положительной полуоси x, получить положительные значения основных тригонометрических функций.