Потому что РПЦ уже фактически стала частью государственного механизма, рассматривается Кремлем как важный фактор поддержания стабильности и порядка. Активное неприятие религии воспринимается властями как антигосударственная, подрывная деятельность. Чтобы этому противостоять и придуман закон о несуществующем "оскорблении чувств".
Ага, только наказания разные...