Здравствуйте!
Уважаемый RUSLAN RECHAPOV ответил уже на этот вопрос с точки зрения философии и теории права, но я смею добавить с точки зрения историка (ни в коей степени не отменяя сказанное).
Итак, человек средневековья (а именно тогда произошло наибольшее количество таких судебных процессов) жил в категориях мифологического мышления, которое определялось как бинарной оппозицией (небо – земля, ночь – день, женщина – мужчина…), отсутствием абстрактного мышления, анимизмом, фетишизмом(чего и сейчас хватает), но и еще – не отделением мира человека, от мира природы.
Следовательно, это позволяло интерполировать (переносить) законы человеческого общества, на элементы природы. Ну а затем уже известная система – есть жертва, значит – есть преступление, есть преступление – необходимо наказание. И в этой системе порка дерева выглядит понятной, так как во время ветра дерево покалечило крестьянина (ветка – преступник), следовательно, преступника необходимо наказать, и т.к. у дерева есть душа (анимизм), во время порки оно испытывает мучения.
Почитайте «стенограмму» интересного процесса his.1september.ru