Я думаю, главная причина состояла в том, что Церковь, став государственной структурой, приобрела политическую силу и превратилась в "царство мира сего". Вследствие этого, она получила неоправданно большую власть над умами людей и убежденность, что теперь она может диктовать свои условия, давать единственно правильные ответы на любые вопросы и подавлять инакомыслие. Искушение оказалось слишком сильным и привело к соответствующим последствиям.