Подозреваю, что все дело в технологии строительства: современный проходческий щит за месяц "проходит" 250-300 метров тоннеля, а расположение новых станций (например, в Москве) выбирается, в первую очередь, в отдаленных районах, учитывая существующую и планируемую плотность жилья в этом месте, наличие крупных предприятий, загруженность транспортных магистралей и т.д. Как следствие - расстояние между вновь строящимися станциями существенно больше, нежели в центре, а значит, тоннели становятся гораздо протяженнее.
Есть еще ряд геологических проблем, которые тоже требуют время для решения: например, сложные гидрогеологические условия, плывуны и т.д., с которыми борются, замораживая грунты или струйно цементируя их. Заморозка, которая используется в наиболее сложных условиях и при строительстве наклонных тоннелей под эскалаторы, "схватывает" грунт примерно месяц.
Вообще, в любом виде строительства, земляные работы считаются одними из самых трудоемких, а при строительстве метрополитена они занимают львиную долю вообще всего комплекса работ.
Медленно строят где? В Москве, по сравнению с другими городами, где есть метро, строят очень быстро. Например, в моей родной Самаре одну станцию строят лет по 8. ru.wikipedia.org