Самый правильный ответ на данный вопрос звучит очень просто — так исторически сложилось. Ну и можно тут ещё добавить, потому что языки разные, вот почему.
Но это слишком просто, поэтому я постараюсь ответить на вопрос в разных плоскостях, потому что его можно понять по-разному.
Понимание Первое. Почему во многих языках количество букв и смыслоразличительных звуков, которыми они записываются, отличается?
Итак, в этом случае мы должны рассмотреть языки, которые пользуются письменностью, где количество смыслоразличительных звуков и количество букв не совпадают. Поэтому, чтобы было понятнее, для начала рассмотрим противоположную ситуацию, когда количество букв тождественно количеству звуков. Такая ситуация сейчас наблюдается, как правило, в младописьменных языках, а также в некоторых языках, где принцип записи является строго фонетическим. Хорошим примером в данном случае является родственный русскому языку сербский, где существует правило, сформированное создателем современного сербского алфавита Вуком Караджичем: пиши како говориш и читаj као што jе написано — пиши, как говоришь, и читай так, как написано. В сербском алфавите насколько это возможно реализована система, когда знаков на письме такое же количество, как и звуков в языке.
Однако не всем языкам повезло так же, как сербскому. Так получилось, что языков много, а систем записи — гораздо и гораздо меньше. Из-за этого самой частой историей была такая, когда один язык заимствовал письменность у другого, вследствие чего многие буквы, обозначающие звуки, характерные для фонетики языка, откуда письменность заимствовалась, переходили по наследству другому языку даже при отсутствии в нём этих звуков. Таковы практически все языки, использующие латиницу — здесь особо показательны буквы q и x, которые были характерны для латинской фонетики, а потом перешли по наследству и в другие языки. Тоже самое произошло с кириллицей, где вплоть до реформы Петра І присутствовал в изобилии весь греческий алфавит.
Новый гражданский шрифт с правками Петра І
Но это — не самая главная причина, почему количество букв и звуков может отличаться. Дело в том, что, когда у обслуживаемого письменностью языка появляется литературная традиция, а у народа складываются определённые привычки чтения и записи, со временем начинается постепенное отклонение языка письменного от языка устного. Это происходит из-за того, что в язык — живой и в нём на протяжение веков помимо изменения лексического и грамматического состава постепенно меняется и фонетический состав. Чтобы было понятно, в русском языке в какой-то момент произошло так, что мы перестали произносить чёткое [о] в безударных позициях, а на его месте начали произносить [a], ну, то есть пишем молоко, а читаем ма-ла-ко. А так как традиция записи и чтения уже сложилась, все вокруг привыкли, что это слово выглядит именно так, вот мы и продолжаем там писать о, хотя никакого о уже и нет. Тут, кстати, надо понимать, что процессы, которые происходят в одном языке, совершенно необязательны для другого языка. В украинском, к примеру, в безударной позиции о так и будет произноситься как [о]. Более того, в разных языках подобные изменения могут происходить с разной скоростью при сохранении традиционного правописания. Именно это и является причиной, почему орфография, например, английского и французского языков выглядит так странно — тяжелая в записи на слух и в расшифровке написанного, с кучей нечитаемых символов. Так произошло потому, что такое правописание отражает староанглийское и старофранцузское произношение тех лет, когда литературная традиция только-только начала складываться, при том, что нынешнее произношение уже ушло далеко вперёд.
/лэ рэв сё рэализ ля у лёр круа/ — «мечты исполняются там, где в них верят»; прошу отметить количество нечитаемых символов, а ведь, между прочим, всё это когда-то произносилось.
Понимание Второе. Почему в разных языках количество смыслоразличительных звуков может быть таким разным?
Вследствие того, что языки, как мы выяснили ранее, постоянно меняются, и, как следствие меняют своё звуковое наполнение, количество звуков тоже может сильно варьироваться. Так, например, языку ротокас из Папуа Новой Гвинеи достаточно всего 12-ти букв, чтобы записывать речь. Однако это далеко не означает того, что данный либо какой-либо другой язык становится каким-то неполноценным. Возьмём, к примеру, финский язык. Так вот, в нём при сравнительно бедном фонетическом составе ухо носителя будет цепляться за что-то своё, что позволит отличать одни слова от других. Финский изобилует различными дифтонгами, а также различает долготу гласных и согласных — всё это практически полностью отсутствует в современном русском языке. В то же время русский один из немногих языков различает твёрдые и мягкие согласные, хотя так тоже было не всегда. В своё время древнерусский язык различал краткие гласные, обозначаемые буквами ъ и ь, которые в какой-то момент в одних позициях проявились в чистые звуки [o] и [e], а в других — перестали произноситься, при этом ь оставил после себя характерную особенность — согласные перед ним стали произноситься мягко. И если до этого мягкие согласные в древнерусском были т. н. аллофонами — то есть не влияли на смыслоразличение, то после падения редуцированных стали одной из самых отличительных черт русской фонетики. Но это пример того, как звуки могут возникать, гораздо чаще мы слышим, как звуки могут исчезать из языка. Так почти все славянские языки лишились носовых гласных, которые присутствовали в них на момент создания Кириллом и Мефодием письменности.
Исходя из всего вышесказанного, можно понять, почему количество звуков в разных языках может быть таким разным — языки развиваются по-разному, поэтому звуки могут как исчезать, так и появляться и всегда это количество разное.
Понимание Третье. Почему вообще буквы и звуки такие разные в разных языках?
Это следует из всего написанного ранее — буквы и звуки разные, потому, что в разных языках происходят разные процессы, поэтому и результат получается разный.