Я думаю, дело не в самом языке. В начале 2000х, когда PHP начал набирать популярность, было не так много языков для web-разработчиков. Python и Ruby тогда еще были малоизвестны. Был достаточно сложный для освоения Perl, а также язык ASP от Microsoft, применимость которого была сильно ограничена, т.к. он мог работать только на web-серверах IIS от того же Microsoft. PHP же был простым для изучения, мог работать на разных платформах и многие web-хостинги предоставляли его за небольшие деньги. Примерно тогда же появился т.н. «джентльменский набор web-разработчика» (он же Denwer) – сборка популярных дистрибутивов (Apache+MySQL+PHP) для запуска окружения для web-разработки под Windows от российских разработчиков. Все это привлекло многих новичков (читай дилетантов), которые с энтузиазмом принялись экспериментировать. И как следствие, это привело к возникновению большого количества весьма посредственного кода. Как сейчас с этим обстоят дела не знаю, но поскольку PHP в каком-то виде используют такие гиганты как Facebook и Wikipedia, то, надо думать, не все так плохо. Поэтому, отвечая на ваш вопрос, думаю, здесь ситуация как в анекдоте: ложечки нашлись, но осадок остался.
PS: Говоря о гигантах, нужно, конечно, смотреть, в каком виде они используют PHP. Например, у vkontakte есть собственный транслятор из PHP в C++, т.е. оригинальный движок языка не используется. Что-то подобное делается и в Facebook.