Вопрос логичный, но четкого ответа на него нет — мутанты позиционировались сценаристами, как люди с «совсем уж необычными способностями», но на практике, действительно, ничего необычного по меркам Марвел в Людях Икс не было. Причем, поскольку в комиксах у большинства супергероев есть тайна личности, население не может знать, кто из них мутант, а кто нет. Поэтому в поздних комиксах мутанты стали чаще изображаться, как люди с внешними отличиями или как нелюди, чудовища. Кроме того, не все мутанты — супергерои, многие просто пытаются жить своей жизнью; а супергерои воспринимаются, как защитники и заступники, люди, рискующие всем ради других. Потому к ним и отношение иное.
Хорошая трактовка есть в комиксе «Чудеса», где главный герой застает начало анти-мутантской истерии и много размышляет о том, как люди перешли от поклонения супергероям к охоте на ведьм.