Почему в конце предложения в кавычках точка ставится не после кавычек, а внутри них?

Потому что это не так. Точка ставится после кавычек. Внутри кавычек ставятся вопросительный и восклицательный знаки, а также многоточие. Описанное вами правило применяется в ряде европейских языков, но не в русском.